1912年1月1日，中华民国临时政府成立，颁行了“癸丑学制”，明确规定：全国设大学区，各省设专门学校，将学堂改称学校，官立改称公立，学校监督改称校长。1913年6月，山东巡按使根据教育部“凡在前清设立的官立某某学堂，嗣于民国二年一律改称某某专门学校”的规定，将山东高等农业学堂易名为山东公立农业专门学校。
　　如果说山东高等农业学堂时期尚属学校的初创阶段，学校规模小，学生的文化程度参差不齐，学制亦不够规范，那么，在山东公立农业专门学校存在的13年间，学校在办学水平、办学规模、办学实力诸方面，都有了长足的发展和进步。纵观学校的百年发展史，这个时期应是其中一个重要的历史阶段。
　　在办学规模上，高等农业学堂时期的1911年有教员19人，而到了十年后的1921年，已有专任教师27人，其中，教授  10人，助教 8人，教员  9人。这样的规模在今天看来，没有什么值得夸耀的，而在百年前，这个规模是同时办学的省内其他五所专门学校难望其项背的。
　　在办学实力上，这个时期的学校较之初创时也有了很大增强。学校占地420亩，有教室、实验室、师生宿舍640余间，建有3个养蚕室、1个机器制丝厂、1个林产制造室和1个农艺化学试验室。“内部设置如标本、仪器、药品、器具亦颇完备”，而附设的“汽力缫丝厂其规模尤为可观，计有丝框30个，每年工作10个月，可得生丝40箱，须有干茧二百余担方敷其用，故此机一开，于全省蚕丝业实有莫大关系”。另外，学校还有果园190余亩，苗圃90余亩，桑园80余亩。1917年，山东省政府还把燕子山、千佛山等处的4270亩荒山划归学校，供师生植树、实习之用。如今，遥望济南南山一带的林海松涛，那可曾是当年山东公立农业专门学校的师生们用心血浇灌过的。
　　这个时期学生的自治组织已十分健全，校友会（相当于今天的学生会）下设事务部、运动部、学艺部，组织学生开展学术研讨及文体活动。《校友会杂志》是学生开展学术及其他活动的重要阵地，每期的  “论说”、“学艺”、“调查”等栏目，刊登大量的学生学习专业知识及社会信息动态等方面的文章。这些文章，对提高学生的专业知识水平和对社会问题的认识能力，都起到了很大的促进作用。遗憾的是，这份宝贵的校史资料，至今尚栖身于北大图书馆、甘肃省图书馆等处偏僻角落里。
　　山东公立农业专门学校在13年的办学过程中，取得了许多值得载入史册的成绩：1914年2月，校长张岩南以办学成绩优异，获民国大总统颁发的嘉禾奖章；在1916年1月举办的全国专门学校以上学校成绩展览会上，山东公立农业专门学校报送的展品荣获二等奖。值得一提的是，据有关资料记载，这个时期在济南工作的关向应同志曾到学校开展过青年团的活动；莱阳籍学生宋海艇于1925年暑假加入了中国共产党，毕业后回到原籍莱阳县，创建了胶东地区第一个农村党支部。尽管这方面的资料很少，但是足以证明当时的山东公立农业专门学校确有党的活动。
　　1926年6月，奉系军阀、山东督办张宗昌下令，将设在济南的农、工、商、医、矿、政法六所专门学校合并，重建省立山东大学，走过了13年办学历程的山东公立农业专门学校遂告结束。